肛门长痘痘有点疼，治疗方法需要结合病因，临床上常见的原因有以下几个：

第一，肛周毛囊炎症。是由于肛门周围毛囊内出现感染所引发的，可以外用莫匹罗星软膏抗感染治疗，缓解局部症状。

第二，痔疮。当痔疮出现局部循环障碍时，就会导致血栓形成或者水肿，质地会变硬，可以外用痔疮膏配合温水坐浴等治疗缓解症状。

第三，肛瘘。肛瘘的外口也会表现为肛周局部的肉芽组织，类似于痘痘一样，需要行手术治疗才能完全治愈。

所以，患者需要去医院就诊，明确诊断，再采取相应的治疗。