宝宝3个多月睡觉摇头常见于以下几个因素：

1.3个多月宝宝睡觉摇头，可能是维生素D缺乏导致的佝偻病而引起的症状。一般还会伴随睡觉出汗多、易惊醒、鸡胸、枕秃等现象，需要到医院进行维生素D的测定来确诊。

2.3个月宝宝睡觉摇头，还有可能是湿疹导致。特别是湿疹长在头皮部位，导致头皮出现剧烈的瘙痒感，宝宝只能通过摇头缓解，要注意观察宝宝的头皮是否出现皮炎等情况，需要及时进行治疗。

3.如果宝宝在摇头的同时，还伴随着抽搐等症状，可能是小儿癫痫而导致，需要及时到医院进行脑电图的监测。