3个多月宝宝在睡觉时候出现摇头，考虑导致的原因和以下几方面因素有关系：

1.有可能是宝宝晒太阳比较少，所以宝宝的皮肤不能够合成维生素D。而维生素D又会影响体内钙的吸收，如果体内处于一种钙缺乏的状态，宝宝在睡觉过程当中就会有摇头的现象。

2.有可能是宝宝饮食不足，如母乳量不够，或者宝宝对配方奶比较排斥，每次服用奶的量比较少，会导致宝宝对维生素D以及钙剂的摄入量比较少，所以也会出现睡觉摇头的现象。