3个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是中枢神经系统发育不成熟、缺乏维生素D和钙、头面部有皮疹等原因引起的。3个月的宝宝由于中枢神经发育还不成熟、大脑皮层处于兴奋，有时候会出现摇头的现象，是正常的表现，随着月龄的增加会逐渐改善。

缺乏维生素D和钙也会造成交感神经过于兴奋，睡觉时老是摇头，还会伴有多汗、惊醒、枕秃、方颅等症状。

有些孩子头面部或者后枕部位有皮疹，孩子觉得不舒服、瘙痒，所以摇头摩擦缓解瘙痒。建议前往医院做相关的检查确诊原因，必要时给予治疗。