巧克力囊肿需不需要住院治疗要根据具体的病情而定。

如巧克力囊肿比较小，患者也没有明显的症状，可以选择门诊口服药物治疗，目前临床上最常见的选择激素类药物。但如果囊肿较大，需要尽早地进行手术治疗。要根据患者的具体病情、年龄、一般情况、生育要求、家庭情况等进行综合分析，选择传统的术式或者微创术式行巧囊肿的剥除术或者根治性的手术。

本病属于子宫内膜异位症的一种，临床上最常见的会导致患者月经的异常、进行性的痛经、性交痛等不适。严重的还会出现不孕，如果囊肿破裂或者囊肿扭转，也可以出现急性腹膜炎等症状而危及患者的生命。所以对于子宫内膜异位囊肿应该早发现、早治疗，并警惕其复发。