益生菌长期服用对人的身体有副作用。

首先，长期服用益生菌，会破坏人体内肠道的正常菌群。益生菌属于外来的，长期服用会影响肠道内正常的菌群的形成，当撤掉益生菌以后会引起肠道内功能紊乱的症状。所以服用益生菌的时候，应在医生的指导下应用。当病情改善，应立即停止。

其次，益生菌毕竟是外来的，药物多少会对胃黏膜造成刺激。绝大部分是通过肾脏排泄的，也会对肾脏造成负担。所以服用益生菌应严格按照适应证，避免长时间服用，一定按照医生的医嘱和疾病的种类选择益生菌。