手淫射精而有的疼痛感觉，跟这种性行为方式有关，由于手淫性过程中，摩擦刺激的强度比较大，对阴茎皮肤以及海绵体、尿道容易造成损伤，从而会有射精疼痛感觉。

也不排除由于附属性腺体感染而导致的射精疼痛，临床常见的是泌尿道感染后，致病菌逆行感染致精囊，精囊炎可出现射精疼痛。

也跟频繁手淫性行为也有关，由于性行为频率增加，导致相关附属性腺体持续充血，伴随腺体的感染概率增加。出现射精疼痛感觉，还有可能影响精液质量，必要时需要对症止痛，以及头孢类药物消炎治疗。