小脑扁桃体下疝畸形是由于小脑扁桃体坎入枕骨大孔平面以下，引起的临床症状。引起疼痛的主要原因是由于神经压迫导致，一般主要考虑是压迫延髓或者压迫颈椎有关。

如果压迫脑神经有可能会导致耳鸣、面部麻木、头晕、头痛、手脚麻木，甚至有可能会引起手部肌肉萎缩。如果压迫小脑，有可能会导致眼球不自主震颤，走路的时候不稳。也和颅内压升高有一定关系，可以引起头痛、呕吐或者视物模糊，有一部分患者有可能会表现为心率或者呼吸不正常。

建议需要到神经内科就诊，需要及时明确病因，积极治疗。