引起肩胛骨疼痛的原因很多：

1.肩周炎，由于长期的伏案工作，学习，长时间的保持一个姿势，且姿势不正确就会引起周围软组织劳损，导致肩周软组织炎症形成而出现疼痛症状；

2.颈椎问题，如果下颈椎出现的突出等会引起肩胛骨、肩周组织的疼痛，一般情况下表现出放射性疼痛。

所以综上所述，建议去正规三甲医院骨科进行就诊，可以做肩部、颈椎部位的磁共振检查，明确是否是肩周炎或者是颈椎椎间盘突出、压迫神经根等问题引起的。要明确诊断，再对症处理，如果各种检查没有问题，不能够排除是心脏出现了问题导致的，比如心绞痛、冠心病等建议立刻进行检查治疗。