先天性肛门畸形也会导致肛门失禁，先天性肛门畸形的患者有些会伴有肛门括约肌缺失或者发育不良，会直接影响肛门收缩功能而导致肛门失禁。

即使患者肛门直肠环存在，经手术重建肛门以后，也会因为局部的感觉缺失而导致感觉性肛门失禁，但经过后期长时间的锻炼恢复，肛门失禁的症状会有明显的缓解。

另外大多先天性肛门畸形会伴有瘘道的形成，初期的粪便有可能会通过瘘道排出，具体的治疗或者手术方案应结合肛门畸形的类型以及症状的严重程度。