一般情况下，伤寒较副伤寒危害更大一些，伤寒的严重并发症在于肠出血和肠穿孔。

严重的出血和穿孔内科治疗无效时，要考虑手术治疗。手术如果效果不佳，并发患者大出血或者穿孔并发感染性腹膜炎、感染性休克，可以危及生命。但副伤寒甲乙肠出血和肠穿孔的并发症非常少见，因此病死率也很低。

伤寒感染后严重可以并发中毒性心肌炎、溶血尿毒综合征，虽然都相对少见的并发症，但是感染后，如果没有有效的治疗，可能危及患者的生命。副伤寒丙感染后可能出现脓肿的形成，治疗上需要外科排脓，并且加强感染治疗是可能痊愈的。