大肠埃希杆菌性胃肠炎的诊断鉴别方法，最准确的方法还是进行大便的细菌检测，在患者的大便中检查出大肠埃希杆菌，这是确诊最有效的方法，当然也要与嗜酸细胞性胃肠炎、慢性结肠炎、消化不良等疾病相鉴别，当然其他的原因导致的腹泻也是非常多的。

所以也注意加以鉴别，并且患者有不洁饮食史，这也是非常关键的一点。

如果患者前期很健康，只是最近几天才出现的腹泻，大多数情况下，还是应该考虑大肠埃希杆菌感染，引起的胃肠炎的可能性，比较大一些。