神经功能异常引起的一只眼睛像针扎一样疼可以吃营养神经的药物，细菌感染导致的眼睛针扎样疼需要服用抗生素，病毒感染造成的眼睛针扎一样疼可以口服抗病毒药物。

如果因为眼部神经功能异常导致患侧眼睛出现阵发性刺痛，可以吃营养神经的药物，如甲钴胺胶囊、艾地苯醌片和维生素B1片等。

被金黄色葡萄球菌、淋球菌和肺炎链球菌等致病菌感染，眼睛因炎症细胞的浸润也会出现针扎样刺痛，需要服用头孢拉定片、罗红霉素分散片和阿奇霉素片之类的能杀灭多种细菌的抗生素。

由巨细胞病毒、单纯疱疹病毒和腺病毒等感染引起的眼睛针扎样疼痛，常用的抗病毒药物有泛昔洛韦胶囊、达芦那韦片和盐酸金刚乙胺口服溶液等。