怀孕39周腰疼、羊水破了，首先需要进行检查，通过B超检查了解胎儿的情况以及羊水量的多少。通过胎心监护检查，了解胎心以及宫缩的情况。通过阴道检查，进一步验证是否出现了胎膜早破，以及有无伴随宫颈管的缩短、宫口的扩张。

如果破水时已经出现了规律的宫缩，可以住院待产，定期地观察产程的进展，期待阴道分娩。

如果胎膜早破后没有出现宫缩的情况，可以考虑使用抗菌药物预防感染，同时使用缩宫素静滴的方式促进宫缩，期待孕妇能够进入产程，继而阴道分娩。

如果存在阴道分娩的禁忌证，可考虑通过剖宫产的方式终止妊娠。