宝宝睡觉时咳嗽厉害，可能是以下原因：

1.哮喘、过敏性咳嗽，在睡觉的时候可能接触或者吸入房间内引起过敏的物质，会引起气道过敏反应导致咳嗽比较厉害。

2.宝宝的贲门括约肌发育不完善，睡觉的时候如果平躺着，容易导致胃内容物反流到咽喉，引起刺激性的咳嗽。

3.呼吸道感染会造成支气管炎、肺炎，晚上睡觉时会加重症状，从而导致咳嗽厉害。

4.鼻部有鼻涕，因为平躺睡觉时鼻涕流入咽喉也可引起刺激性的咳嗽，多见于急性鼻炎、鼻窦炎、慢性鼻炎等。