睡觉的时候咳嗽厉害的原因有很多，其中主要见于胃食管反流、变异性咳嗽以及急性心力衰竭等疾病。

胃食管反流是因为在睡觉过程当中胃酸反流，对咽喉部位造成刺激而诱发的咳嗽，进行胃镜检查时会发现胃酸过多或者有胃黏膜的损伤。变异性咳嗽在夜间发作，主要与环境温度过低或者接触其他过敏原有关。

在排除食管反流以及变异性咳嗽的情况下，需要进一步完善心电图检查以及心脏彩超检查。特别是患有心脏疾病的患者，一定要及时完善检查，明确有无心力衰竭引起睡觉时的咳嗽。