蹲久了膝盖疼可以有以下几种原因引起：

1.膝关节的骨性关节炎而导致。膝关节骨性关节炎时，可以出现在久蹲时，膝盖前侧髌骨关节的疼痛或者膝关节周围肌腱的疼痛。

2.膝关节半月板后角的撕裂而导致。可以在久蹲之后出现压迫半月板的后角而导致疼痛，在核磁共振检查时，可以有明显的半月板损伤的信号。

3.腘窝处的囊肿或者腘窝处的肌腱慢性的炎症、肌腱的滑囊炎，导致久蹲之后膝盖后侧的疼痛。核磁共振和彩超可以显示膝关节后侧囊肿的出现，在肌腱周围有慢性的炎症的渗出，要通过口服药治疗以及物理治疗进行治疗。