巧克力囊肿的治疗，主要是根据患者的年龄、生育要求、囊肿的大小来选择治疗方法。

如果巧克力囊肿小于4厘米，没有任何不适的症状，可以不用治疗。如果囊肿大于4厘米，建议手术治疗。如果有生育要求，建议行卵巢囊肿剥出术，术后尽早怀孕或者使用药物减少复发。

如果患者无生育要求，年龄小于45岁，可以切除患侧的卵巢，保留一侧卵巢。如果患者的年龄大于45岁，巧克力囊肿比较严重，为双侧，建议切除子宫及双附件。手术一般首选腹腔镜治疗，为了减少术后复发及疼痛，还需要辅助药物治疗，并长期管理。