起床肩膀酸痛，可能是以下因素所导致：

1.如果在白天进行肩扛重物的工作时间较久，或者是进行剧烈的体育运动，可能会导致肩部乳酸代谢产物堆积过多，在晚上或者是早晨起床时就会出现肩膀酸痛。

2.在晚上睡觉时，肩膀部位受到冷风的刺激，会影响到肩膀部位的气血运行，导致气血瘀滞，就会使肩膀部位出现酸痛。应当对局部进行按摩和热敷，促进局部血液循环，肩部酸痛的症状会自行缓解。

3.如果患有神经根型颈椎病，在晚上睡觉时，睡姿不正确，也会引起肩膀酸痛的症状。