益生菌对功能性便秘是有作用的。益生菌其主要功效一般主要有调节肠道菌群失调、肠功能的紊乱，还能够起到助消化的作用。

在临床上常用于治疗消化不良、腹胀、便秘以及腹泻等情况。对于益生菌其服用一般应当用温水或者温牛奶送服。

引起功能性便秘的原因，主要有肠道菌群失调、肠功能的紊乱、精神心理因素的影响、不良的饮食及生活习惯，以及药物因素影响等等。

对于功能性便秘的患者，除了应用益生菌以外，还可以应用改善胃肠功能、促进胃肠动力的药物以及润肠通便的药物等。