肛瘘如果不治疗，会有很多严重的后果。肛瘘本身就是一种感染性疾病，如果不及时给予治疗，炎症会反复发作。炎症比较轻的时候，患者可能没有不适的感觉。

而如果炎症很严重，有可能会形成新的肛周脓肿，患者会出现发热、畏寒等症状。毒素吸收入血会诱发脓毒血症，严重的会发生感染性休克，甚至导致死亡。

如果肛瘘未得到治疗，病情反复发作，炎症长时间存在或者是使用药物长时间治疗，炎症及药物刺激均可能导致正常组织发生恶变，形成瘘管癌。