肛瘘所导致的严重后果，主要有以下几个：

第一，一些范围比较广的复杂性肛瘘，由于反复感染会导致瘘管周围组织出现纤维化，影响肛门周围肌肉的括约功能，从而引发患者出现肛门失禁或者肛门狭窄的症状。

第二，由于瘘管反复的炎症刺激，有可能会导致肛周局部组织出现变性，甚至恶变，特别是对于一些病史超过10年以上的肛瘘患者。

第三，长期患病会导致患者出现消瘦、低蛋白血症、贫血等全身症状，所以肛瘘患者明确诊断后，应及时行手术治愈肛瘘。