肛瘘长期不治疗，主要的后果就是会由低位的肛瘘发展成高位的肛瘘或者是由简单的肛瘘发展成复杂性的肛瘘。

另外肛瘘会反复地出现临床症状，会出现溃口的流脓和流水，而且溃口的肉芽组织会反复地增生，长期不治疗也是具有一定癌变的可能性，肛瘘是属于肛门周围感染化脓性的疾病，一般都是由于肛周脓肿在脓液形成以后发生了自行的溃破或者是在进行了人为切开放脓以后所遗留下的管道。

一般会有肛门周围皮肤上的溃口，溃口会通过条索样的管道和肛内相通，在急性发作期会出现肛门周围的红肿和疼痛，严重的，还可以引起发热等全身的感染症状。