肛瘘不治疗，有时外口闭合，脓液积聚，会在周围破溃，再次形成瘘管和外口，由单纯性肛瘘演变为复杂性肛瘘，向深部发展会形成高位肛瘘，给后期手术增加难度。

肛瘘长期不治疗，慢性炎症刺激瘘管和外口，局部形成硬结，会有癌变的风险。肛瘘不治疗，随着瘘管的增多和位置的深入，会使肛周瘢痕增多，从而影响到肛门括约肌的功能。

手术处理括约肌会使患者痛苦大，伤口愈合时间长，肛门功能受到影响，肛周流脓还会形成肛周湿疹。