睾丸扭转术后睾丸萎缩的概率在不同情况下有所差异，总体而言，大约在50%左右。
睾丸扭转是一种泌尿外科的急症，会导致睾丸的血液供应受阻。如果扭转时间较短，比如在6小时内得到及时救治，睾丸的血运恢复较好，术后睾丸萎缩的概率相对较低。但如果扭转时间较长，睾丸长时间缺血，即使进行了复位手术，睾丸组织也可能已经遭受了不可逆的损伤，这种情况下术后睾丸萎缩的概率就会大大增加。另外，手术方式、患者的个体差异等因素也会影响睾丸萎缩的概率。例如，年龄较小的患者，睾丸的修复能力相对较强，萎缩概率可能稍低；而如果手术中对精索等结构的处理不够精细，影响了睾丸的血运重建，也会提高萎缩的风险。
从睾丸的生理结构来看，睾丸的血液供应主要依靠精索内的血管。一旦发生扭转，精索血管扭曲，血流无法正常供应睾丸。在手术复位后，虽然血管重新恢复通畅，但之前缺血所造成的细胞损伤可能已经启动了一系列病理生理过程。比如，缺血再灌注损伤会导致睾丸组织内产生大量的氧自由基，这些自由基会攻击细胞的膜结构、蛋白质和核酸等，进一步损害睾丸细胞。而且，睾丸内的生精细胞和支持细胞对缺血缺氧非常敏感，长时间的缺血会使功能受到严重影响，即使血运恢复，也难以完全恢复正常功能，从而导致睾丸萎缩。同时，术后的恢复过程中，如果患者出现感染等并发症，也会加重睾丸的损伤，增加萎缩的可能性。
