小儿先天性巨结肠需与多种肠道功能障碍性疾病进行鉴别，关键在于区分功能性便秘、肠梗阻、肠神经元发育异常等疾病。先天性巨结肠是由于肠壁神经节细胞缺失导致的肠道蠕动障碍，典型表现为新生儿期胎便排出延迟、腹胀及呕吐，而其他疾病虽有相似症状，但发病机制和治疗方法不同。
功能性便秘是常见需鉴别的疾病，多见于较大婴幼儿或儿童，表现为排便困难、粪便干硬，但无胎便排出延迟史。肛门直肠测压显示先天性巨结肠患者缺乏直肠肛管抑制反射，而功能性便秘患者反射正常。肠梗阻如肠闭锁或肠旋转不良也可表现为腹胀、呕吐，但影像学检查可见机械性梗阻征象，与先天性巨结肠的远端肠管狭窄、近端扩张不同。肠神经元发育异常如神经节细胞减少症或发育不良，症状与先天性巨结肠相似，但病理活检可发现神经节细胞存在，仅数量或形态异常。
鉴别时需结合病史、体格检查及辅助检查。新生儿期胎便排出超过48小时需警惕先天性巨结肠，肛门指检可诱发爆破样排便。腹部X线可见结肠扩张，钡剂灌肠显示狭窄段与扩张段移行区。直肠活检是确诊金标准，需取黏膜下及肌层组织检查神经节细胞缺失情况。注意避免将喂养不当或感染性肠炎误诊为先天性巨结肠，同时需排除代谢性疾病如甲状腺功能减退。早期明确诊断有助于选择手术或保守治疗，改善预后。
