跑步时膝盖扭伤应该及时的休息，并且早期给予冷敷，以减轻局部的肿胀和渗出。如果膝关节扭伤比较严重，关节的屈伸受到限制，要及时地给予拍片或者磁共振检查，看一下有没有韧带的断裂或者损伤。

如果是单纯的膝盖软组织扭伤，应该多注意休息，口服一些活血止痛的药物，一般2~3周左右就会逐步地恢复。

如果合并有韧带的损伤，可能会导致膝关节不稳，严重的会引起创伤性关节炎，要根据损伤的具体程度给予外固定或者手术进行修复，以最大限度地促进膝关节功能的恢复，尽量地减少并发症以及后遗症的发生。