跑步时保护膝盖的方法如下：

1.在跑步以前，应当适当进行热身活动，比如对腿部的肌肉进行牵拉和伸展，避免在跑步时出现肌肉拉伤、关节韧带损伤等情况。

2.在跑步前还应当佩戴护膝，能够对关节部位加以保护，使关节的稳定性增强，降低运动损伤出现几率。

3.在跑步时要适度，不可过于剧烈，也不要跑得时间过久，避免超过身体体能极限。

4.在跑步时应当选择平路跑步，不要选择不平整的道路或者是上下坡路。因为在不平整的路段跑步，容易对膝关节部位造成损伤。