两者的区别首先是牙菌斑不易被肉眼发现，一般可以通过菌斑显示剂着色来辨别，尤其是刚形成的菌斑。色素在临床中肉眼所见，色素根据着色的原因不同可以表现为褐色或黑色。

其次，牙菌斑和色素对牙龈组织的损害影响也不相同。色素本身对牙龈的影响并不大，但是如果色素沉积在牙石或菌斑表面，可以对牙龈造成炎症。

牙菌斑是一种细菌性的斑块，细菌及其代谢产物的存在，会对牙龈及牙周组织会产生侵袭性的破坏，这种就会表现为牙龈的炎症以及牙周袋的形成和牙槽骨的吸收，会引发牙周炎。