跑步时出现膝盖内侧疼痛，可以由以下几种原因引起：

1.膝盖内侧的鹅足损伤导致。鹅足是膝盖内侧重要的结构，如果有慢性劳损，就可以导致运动时出现膝盖内侧疼痛。查体时可以有鹅足处明显压痛，核磁共振上可以看到鹅足肌腱有损伤的表现。

2.膝关节的骨性关节炎导致。如果膝关节有严重的骨性关节炎，就可以累及膝关节内侧的结构，比如鹅足、半月板，就可以出现跑步时膝盖内侧疼痛。

3.半月板损伤导致。当半月板由于各种原因导致损伤撕裂时，就可以出现跑步时膝盖疼痛。特别是内侧半月板撕裂，就可以导致膝盖内侧间隙疼痛。