患有肛瘘后不做手术，肛瘘会反复发作、迁延不愈，使病情复杂、影响肛门功能，甚至恶变。

肛瘘是是由内溃口、外溃口以及皮下瘘管三部分组成的，常可引起肛门反复的破溃流液等临床症状，手术是唯一可以根治的治疗措施。如果不进行手术治疗，肛瘘会反复的化脓，导致瘘管腔内的压力增大，可能向其他的地方出现分支，形成复杂性的肛瘘，增加治疗难度。

长期慢性的炎性物质的刺激，会导致肛门括约肌逐渐失去弹性，影响肛门的闭合，肛周组织长期受到慢性炎症的刺激，会有较低的概率引起恶变。