引起两侧太阳穴疼痛的原因有很多，有生理性的因素，也有病理性的因素。

生理性的因素可见于休息不好导致大脑疲劳，会导致大脑缺血、缺氧，会影响到脑神经，引起头疼或太阳穴两边疼痛，主要是通过休息和适当地使用镇痛药治疗，以及适当使用营养脑神经的药进行治疗。

疾病的因素则有很多。例如感冒受凉的情况下会有病菌、毒素对神经系统产生毒害作用，会引起太阳穴疼痛，这时候主要是以治疗感冒为主。

另外，有高血压基础疾病，需要立即监测血压情况。如果血压升高的情况下会引起脑血管扩张，也会表现出两边太阳穴疼痛的症状。