黄体功能不足一般不会引发巧克力囊肿。

巧克力囊肿又叫做卵巢内膜异位囊肿，是子宫内膜移位到了卵巢，属于是子宫内膜异位症的一种病变，多是由于经血逆流或是宫腔内操作所致。而黄体功能不足属于一种内分泌系统的疾病，是会导致月经失调或者其他一些内分泌疾病的发生，所以黄体功能不足不会引发巧克力囊肿。

如果是巧克力囊肿，要尽早使用药物或者手术治疗，以免囊肿继续增大，加大治疗难度。卵巢黄体功能不足可在医生指导下，在月经的后半周期补充孕激素类药物进行治疗。