引起膝盖后面的腿窝疼的原因很多，所以首先需要明确病因，然后才可以对症进行治疗。

如果因为受到外伤导致的疼痛，通过做局部核磁共振检查，明确损伤的具体程度，采取合理治疗方案。

如果是轻微的损伤，可以先制动疗法，保守治疗，或者石膏外固定，或者使用支具进行固定3-4周。

如果具有手术指征，需要及时行手术治疗。如果检查结果是巨大的囊肿压迫神经所导致的疼痛，这种情况需要考虑进行手术切除治疗。

如果以上检查都没有问题，需要考虑腰椎椎间盘突出症引起的，因为腰椎间盘突出有可能导致膝盖后面的腿窝疼痛症状。针对这种疾病，需要静养休息，最好绝对卧床休息、睡硬板床、药物治疗、保守治疗，必要时可以行手术治疗。