卵巢巧克力囊肿是否需要手术，要根据囊肿的体积、患者的临床表现、年纪等来决定。如果囊肿体积较小、在4公分以内、平常月经正常、痛经不明显，可以观察或者保守治疗，比如服用中药疏肝理气、活血化瘀、软坚散结或者采取西药短效避孕药、GnRHa等。它们可以抑制疾病的发展，同时缓解不适。

但是，囊肿体积比较大、痛经进行性加重或者已经影响了卵巢的功能，最好选择手术。还有一部分女性年纪较轻、有备孕的要求，对于手术要谨慎选择。因为手术也有复发的可能，而反复手术对卵巢功能有损伤。

所以，发现巧克力囊肿应该去医院找医生全面评估，根据自身的情况选择合理的方式治疗。