每晚三点左右醒大概是以下疾病引起的：

1.神经衰弱。由于长期加班工作，脑力劳动时间过长，导致身体和精神等方面过度的疲劳，近期遇到烦心事、思想压力过大等，导致大脑神经功能衰弱，影响了正常的睡眠，表现出每晚三点左右醒的症状。建议及时明确诊断，尽早对症调理或者治疗。

2.甲状腺功能亢进症。由于患有甲亢病症导致体内基础代谢率增快，患者表现出明显的心律失常症状，干扰了大脑神经的正常休息，表现出上述症状。建议及时就诊，尽早给予治疗原发病。