小儿流感和扁桃体发炎的区别如下：

第一，从致病菌类型上区别，小儿流感多数是病毒感染引起的，主要是流感病毒。而扁桃体发炎多数是细菌感染引起的，主要是金黄色葡萄球菌或者乙型链球菌感染。

第二，从临床症状上区别，小儿流感又称作上呼吸道感染，主要以鼻塞、流鼻涕、咽喉不适等为主，伴有不同程度的发热。扁桃体炎主要以咽部疼痛、吞咽困难等为主。

第三，从治疗方法上区别，小儿流感以抗病毒药物为主，扁桃体发炎主要以抗生素类药物为主。