沙门氏菌感染的排菌期与感染程度及感染位置相关。在临床上，沙门氏菌感染以消化道感染最为常见，其排菌期平均在1~3周。

如果患者本身免疫能力较强，感染程度较轻，主要以腹痛、腹泻、发热为主要表现，不合并严重并发症迹象，一般经对症治疗，可在1周左右治愈。在肠道沙门氏菌被清除后，不会再排菌。

如果患者本身免疫能力较差，或者未经规范抗感染治疗，则沙门氏菌感染病程较长，在急性感染期间，均可以排菌。