先天性胆管扩张症不会影响儿童发育。

但是该病有可能会引起胆汁排流不畅、胆胰合流异常等病变，最终有可能导致胆汁逆流入血，而出现皮肤及巩膜的黄染、继发感染时出现胆管炎或胰腺炎，引起腹胀、腹痛、胆管或胰腺结石。严重的有可能会引起肝脏病变，出现肝硬化、肝癌，以及胆胰系统恶性肿瘤发病率增加。

因此，该病在诊断明确后需尽早手术治疗，减少并发症的发生，手术方式取决于扩张的部位以及范围。对于病变较广泛、手术不能完全切除者，需要密切定期复查动态评估病情的变化。