先天性短结肠和结肠溃疡是两个完全不同的疾病。

先天性短结肠是由于先天发育异常所导致的，是一种比较严重的发育畸形，会伴有结肠和其他脏器的瘘管，大多都需要行手术治疗才能完全治愈。

而结肠溃疡目前原因不明，有可能和自身免疫系统有关，也可以将其归为免疫系统疾病，是结肠内出现溃疡、糜烂、出血，而导致患者出现脓血便、腹痛、消瘦、营养不良、水电解质紊乱等等一系列的临床症状，需要积极的治疗控制局部症状。