新生儿巨结肠的确诊需结合临床表现、影像学检查、直肠肛门测压、组织病理学检查、直肠黏膜活检。具体分析如下：
1.临床表现：新生儿巨结肠的典型症状包括胎便排出延迟、腹胀、呕吐及喂养困难。胎便通常在出生后24小时内排出，若超过48小时未排出需警惕。腹胀呈进行性加重，可能伴随肠型可见。呕吐物可能含有胆汁，喂养后症状加剧。部分患儿出现体重不增或下降，需结合其他检查进一步确认。
2.影像学检查：腹部X线平片显示肠管扩张及气液平面，提示低位肠梗阻。钡剂灌肠是重要手段，可观察到狭窄段与扩张段的移行区，但新生儿早期可能表现不典型。动态观察钡剂残留情况有助于判断，24小时后仍有大量钡剂滞留支持诊断。
3.直肠肛门测压：通过检测肛门内括约肌的反射活动辅助诊断。正常新生儿直肠扩张时会引发肛门内括约肌松弛，而巨结肠患儿缺乏此反射。此项检查无创但需患儿配合，结果需结合其他检查综合判断。
4.组织病理学检查：手术中取肠壁全层活检是金标准。病理可见狭窄段神经节细胞缺失，近端扩张段神经节细胞正常。此项检查需麻醉且有创，通常在其他检查无法确诊时采用。
5.直肠黏膜活检：通过抽吸或钳取直肠黏膜下层组织，染色后观察神经节细胞是否存在。操作相对简便但可能因取材深度不足导致假阴性。需多次取样或结合其他检查提高准确性。
确诊过程中需避免单一检查的局限性，多学科协作更可靠。早期干预可改善预后，延误治疗可能导致肠穿孔或败血症等严重并发症。
