咳嗽的时候小腹痛，可能是咳嗽的时候腹内的压力快速升高，导致腹部的肌肉紧张引起的疼痛。

咳嗽是呼吸道疾病的常见症状，比如气管、支气管、胸膜受到炎症、物理、化学以及异物的刺激，导致肺内压升高，肺内气体喷射而出，引起咳嗽。致病菌入侵，呼吸道黏膜受到刺激，引起剧烈咳嗽。咳嗽剧烈时，牵扯到腹部的肌肉，也是引起小腹部疼痛的主要原因。

怀疑是咽喉部疾病，可以就诊于医院的耳鼻喉科。怀疑是肺部、支气管、过敏等因素引起的咳嗽，可以到呼吸内科就诊。怀疑是肺结核引起的咳嗽，可以到医院的传染科或者是感染科进行检查。