三个月的宝宝睡觉老是摇头很可能是睡眠姿势不当、皮疹、缺钙等因素所引起。

1.睡眠姿势不当。小宝宝的睡眠姿势不好的情况下，很可能就会导致宝宝产生睡眠不安的症状，会引起频繁摇头。

2.皮疹。头皮的部位或者脖子的部位产生皮疹，可能会对皮肤的黏膜带来很大刺激，会有明显发痒的症状，会影响到正常的睡眠质量。

3.缺钙。小宝宝的生长发育比较快，当体内摄入钙质不足的情况下，可能就会导致神经功能明显兴奋，引起睡觉摇头症状。

三个月的宝宝睡觉老是摇头都要及时调整睡眠的姿势，同时也要观察皮肤的健康状况，及时补充钙质。