跑步时呼吸困难可能与运动性哮喘有关，多数存在家族倾向性。气道对于运动的耐受性比较差，可在跑步等一定量运动之后，发生急性的大小气道阻塞，进而表现为哮喘、呼吸困难等现象。

这种情况也有可能与肺大疱、慢性阻塞性肺疾病有关。这些疾病都有可能会导致肺功能下降，由于在跑步过程中，机体对于氧气的需求量比较大，此时无法满足，便容易引起呼吸困难。跑步时呼吸困难，也有可能与心脏方面的疾病有关，比如心功能下降、冠状动脉狭窄，同时还有可能会伴随胸痛、胸闷等现象。

排除上述病理因素以外，也有可能与日常缺乏锻炼有关。