患者跑步时肚子疼痛有可能和生理因素和病理因素有关。生理因素多考虑是因为跑步时由于震动因素，从而会刺激腹腔内的脏器黏膜及神经而引发的一种腹痛表现，一般这种情况在停止跑步后腹痛症状多可以在短时间内消失。

如果患者本身存在一些腹腔脏器病变，脏器黏膜受损以后神经敏感度会有所升高，当跑步时引起的震动刺激到敏感神经时，有可能会引发明显的腹痛症状。

生理性因素引发的腹痛可能症状比较轻微，另外还有可能和个人体质有关，一般少数患者在跑步时可能会出现腹痛表现；病理性因素引发的腹痛，在跑步时可能会较为明显，必要时患者需要去医院检查治疗。