跑步膝盖外侧疼可能是由于运动强度过大或运动时间过长，致使关节产生一过性的损伤所引起。这种损伤实际上并没有造成器官的直接损伤，比如没有伤到关节软骨、滑膜或半月板，通过合理的休息可以达到完全恢复。

也可能是由于长期运动过量，在跑步后形成膝关节滑膜炎，而诱发的膝关节外侧疼痛。需要通过药物治疗和相关理疗促进恢复。

此外，也可能是由于跑步后损伤膝关节外侧半月板所引起。应针对半月板损伤的情况及时对症治疗，预防对膝关节造成严重危害。