跑步时脚踝疼可以由以下几种原因引起：

1.脚踝的韧带损伤而导致。比如脚踝周围的韧带出现慢性损伤、劳损时，就可以有跑步时脚踝周围的韧带处疼痛。这时要注意查体，检查脚踝的核磁共振进行诊断和治疗。

2.骨挫伤而导致。如果长期进行跑步，可以导致踝关节周围骨质慢性挫伤、水肿，而导致跑步时脚踝的疼痛。这时要进行踝关节的核磁共振检查进行诊断。

3.关节炎而导致。如果踝关节有骨性关节炎，可以出现在跑步时脚踝明显疼痛。这时要注意休息，减少跑步的量，同时要给予骨性关节炎的药物进行治疗。