16岁锻炼肌肉是否会影响身高，这个需要根据具体的锻炼部位和锻炼方式，以及锻炼的程度来进行综合判定。

只要不进行如负重深蹲、负重长跑等负重类的肌肉锻炼方式，一般都不会影响身高的生长。

比如引体向上可以有效的锻炼上臂肌肉群和背部的三角肌，同时在做此运动时，身体处于拉伸状态，可以有效促进身体的长高，再比如跑步，既可以锻炼腿部肌肉群和身体的协调性，还可增加肺活量，经济而高效，是一种首选的运动方式，所以正常的肌肉锻炼不会影响身高的生长。