三个月的宝宝睡觉摇头，可能是以下因素导致：

1.如果室内的温度较高或者家长给孩子盖的被子过厚，有可能导致后脑部位出汗较多。过多的汗液会对后脑部位皮肤造成刺激，会使婴幼儿感觉到不舒服故而频繁摇头。

2.婴幼儿后脑部位经常出汗较多，家长没有及时进行处理，可能会导致局部皮肤出现湿疹，引起局部皮肤瘙痒，婴幼儿会通过摇头的方式缓解瘙痒的症状。

3.如果婴幼儿睡觉摇头，还伴有夜哭、枕秃等异常表现，可能是缺乏维生素D和钙质引起。