三个月宝宝睡觉摇头从两个方面治疗：

一、要注意头皮卫生，长时间不洗头会使宝宝头皮不适，孩子感觉到很痒就会摇头，宝宝头皮长湿疹也会摇头，可以给宝宝用一些湿疹膏减轻症状。

二、要给宝宝补钙和维生素D，因为宝宝生长太快会出现暂时的缺钙，宝宝会出现摇头和擦枕，肋骨外翻，睡眠不安，夜啼等症状，缺钙严重影响宝宝的生长发育，所以父母必须需要定期为婴儿检查身体，如微量元素的检测，三个月一次最合适，及时发现宝宝缺钙然后及时补充。